Nama Kampung Kapayan Baru diambil bersempena dengan penempatan baharu yang dibuat untuk penduduk asal di Kampung Kapayan Lama. Mereka dipercayai berpindah ke sini untuk membuat sebuah penempatan yang baharu. Selain itu, ada juga beberapa penduduk yang berasal dari sekitar kawasan Kampung Garas, Tambunan yang mengambil keputusan untuk turut sama berpindah ke Kampung Kapayan Baru. Peristiwa tersebut berlaku sekitar tahun 1963 di mana terdapat beberapa orang penduduk yang mengambil keputusan untuk membuka sebuah penempatan di Kampung Kapayan Baru.

Kedudukan kampung yang strategik di tebing Sungai Pegalan menjadikan ramai penduduk memilih untuk menetap di Kampung Kapayan Baru. Pada ketika itu, kebanyakan mereka berhubung dengan masyarakat sekitar melalui jambatan gantung yang dibina atau berakit jika ingin ke kawasan seberang. Keunikan perhubungan ini yang menjadikan hubungan di antara penduduk kampung dengan kawasan sekitarnya sangat baik.

Di Kampung Kapayan Baru juga terdapat sebuah batu yang menjadi tempat pemujaan penduduk kampung suatu ketika dahulu. Namun kerana peredaran masa, maka penduduk tidak lagi menggunakan batu tersebut untuk sebarang upacara pemujaan dan sebagainya.

Perubahan kampung yang semakin bertambah baik juga dapat dirasakan oleh penduduk yang telah menetap di sini sejak sekian lama. Selain infrastruktur dan kemudahan awam yang disediakan oleh pihak kerajaan, taraf hidup penduduk di sini juga dilihat semakin maju dan turut mempunyai sumber pendapatan yang tetap untuk menampung kehidupan masing-masing.